大家所熟知的木马程序一般的启动方式有：加载到“开始”菜单中的“启动”项、记录到注册表的[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]项和[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]项中，更高级的木马还会注册为系统的“服务”程序，以上这几种启动方式都可以在“系统配置实用程序”(在“开始→运行”中执行“Msconfig”)的“启动”项和“服务”项中找到它的踪迹。
另一种鲜为人知的启动方式，是在“开始→运行”中执行“Gpedit.msc”。打开“组策略”，可看到“本地计算机策略”中有两个选项：“计算机配置”与“用户配置”，展开“用户配置→管理模板→系统→登录”，双击“在用户登录时运行这些程序”子项进行属性设置，选定“设置”项中的“已启用”项并单击“显示”按钮弹出“显示内容”窗口，再单击“添加”按钮，在“添加项目”窗口内的文本框中输入要自启动的程序的路径，如图所示，单击“确定”按钮就完成了。
添加需要启动的文件面
重新启动计算机，系统在登录时就会自动启动你添加的程序，如果刚才添加的是木马程序，那么一个“隐形”木马就这样诞生了。因为用这种方式添加的自启动程序在系统的“系统配置实用程序”是找不到的，同样在我们所熟知的注册表项中也是找不到的，所以非常危险。
通过这种方式添加的自启动程序虽然被记录在注册表中，但是不在我们所熟知的注册表的[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]项和[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]项内，而是在册表的[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run]项。如果你怀疑你的电脑被种了“木马”，可是又找不到它在哪儿，建议你到注册表的[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run]项里找找吧，或是进入“组策略”的“在用户登录时运行这些程序”看看有没有启动的程序。
现在网页木马无非有以下几种方式中到你的机器里
1：把木马文件改成BMP文件，然后配合你机器里的DEBUG来还原成EXE，网上存在该木马20%
2：下载一个TXT文件到你机器，然后里面有具体的FTP^-^作，FTP连上他们有木马的机器下载木马，网上存在该木马20%
3：也是最常用的方式，下载一个HTA文件，然后用网页控件解释器来还原木马。该木马在网上存在50%以上
4：采用JS脚本，用VBS脚本来执行木马文件，该型木马偷QQ的比较多，偷传奇的少，大概占10%左右
5：ARP欺骗，利用ARP欺骗拦截局域网数据，攻击网关。在数据包中插入木马。解决方案，安装ARP防火墙。